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下载和使用NCBI的SRA数据

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首先,对于加密的数据(dbGaP受限制数据)需要申请,申请后需要设置项目密码,下载数据,然后对下载后的数据进行dump,相当于解压缩,解压时
用到NCBI的sratools,对于拥有图形界面的系统来说,可以直接用sratoolkit。jar进行解密密码相关的设置,如果没有图形界面,则可使用2.3以前的旧版本,
利用configuration perl脚本进行设置,设置好以后解压,然后对序列数据进行align或者其他的工作,所以,还算比较繁琐的。

ewre 2013-05-18 14:46 发表评论

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